Informations

5.6 : Conclusion et ressources - Biologie

5.6 : Conclusion et ressources - Biologie


We are searching data for your request:

Forums and discussions:
Manuals and reference books:
Data from registers:
Wait the end of the search in all databases.
Upon completion, a link will appear to access the found materials.

Conclusion

Qu'as-tu appris?

Réfléchissez à ce que vous avez observé aujourd'hui dans votre microscope et aux images fournies, ainsi qu'à ce que vous savez sur les cycles de vie des organismes. Reliez ce que vous avez observé sur leurs structures, leur taille, leurs stades de vie, etc., à ce que vous savez de leur capacité à provoquer des maladies ou à ce que vous pensez pouvoir les aider à survivre et à leur potentiel de provoquer des maladies.

Ressources

Protistes : www.microbeworld.org/types-of-microbes/protista

Paludisme: https://www.cdc.gov/malaria/about/index.html

Images CDC de parasites : http://www.cdc.gov/dpdx/az.html


La biologie et le traitement du cancer oligométastatique

Des rapports cliniques de métastases cancéreuses limitées et traitables, un état pathologique qui existe dans une zone de transition entre une maladie systémique localisée et généralisée, ont été notés à l'occasion historiquement et sont maintenant appelés oligométastases. La ramification d'un diagnostic d'oligométastase est un changement de paradigme de traitement, c'est-à-dire si le site de cancer primitif (s'il est toujours présent) est contrôlé, ou réséqué, et les sites métastatiques sont ablatés (chirurgicalement ou par radiothérapie), un intervalle sans maladie prolongé , et peut-être même la guérison, peuvent être atteints. Les diagnostics moléculaires contemporains sont de plus en plus capables de déterminer où se situe un dépôt métastatique individuel dans le continuum de malignité. Les modèles précliniques sont à l'aube de jeter les bases de la compréhension de l'état oligométastatique. Pendant ce temps, en clinique, les patients sont de plus en plus désignés comme atteints d'une maladie oligométastatique et traités grâce à une imagerie diagnostique améliorée, de nouvelles options de traitement avec le potentiel de fournir une thérapie directe ou de transition, et des définitions progressivement larges de l'oligométastase.


Exemples de cladogramme

Primates

Dans le cladogramme de primates ci-dessus, les différents groupes de primates comparés sont répertoriés en haut. Les différents nœuds sur le diagramme représentent les divers ancêtres communs entre les groupes. Les singes, le groupe contenant les humains, et tous les ancêtres communs (nœuds) jusqu'au singe le plus bas sont considérés comme un clade ou un groupe d'organismes ayant des caractères similaires en raison d'une descendance commune. Le clade pourrait être étendu pour inclure tout sauf les lémuriens, les loris et le nœud le plus bas. Si tel était le cas, la ligne menant aux lémuriens serait considérée comme la sous-groupe, tandis que le reste des primates serait considéré comme le en groupe. Ces termes sont simplement utilisés pour décrire différents groupes lors de leur discussion dans la rédaction scientifique.

Baleines et animaux apparentés

En regardant la case supérieure de Cétacés, cette branche représente Cétacés (baleines et dauphins) et leurs ancêtres apparentés. Jusqu'à la découverte des différents fossiles qui comblent le fossé entre les hippopotames et les baleines, la phylogénie de cet arbre était remise en question. Cependant, ces fossiles ont commencé à combler le fossé entre les hippopotames et les cétacés, formant une série de petits pas. Près du haut du diagramme, le nombre de changements évolutifs passe de 1 ou 2 à 9 ou 10 à chaque étape. Cela représente un écart évolutif qui n'est toujours pas compris. Les formes ancestrales de baleines et de dauphins présentées sur ce cladogramme auraient été des animaux des eaux peu profondes, comme le montrent leurs membres fonctionnels. Au fur et à mesure que les ancêtres des baleines se sont déplacés vers la mer, il devient de moins en moins probable que leurs restes fossilisés soient retrouvés.

De nombreuses caractéristiques ont été prises en compte dans la création de ce cladogramme. Par exemple, l'exogroupe Ferae est le seul groupe qui n'a pas de sabot ou de gros orteils. De plus, les Ferae ont des dents carnivores spécialisées. Le reste des groupes se distingue par différents caractères dérivés, tels que les bosses chez les chameaux, la présence d'un rumen chez les Ruminantiaphorpha, et autres. Les baleines sont un groupe particulièrement difficile à émettre des hypothèses, en raison du manque de preuves fossiles et de la grande différence physiologique entre les baleines et leurs plus proches parents. Sans membres, par exemple, il est impossible de savoir que les baleines sont apparentées à des animaux dotés de membres à moins que des preuves ne soient trouvées à cet effet. Heureusement pour la systématique, les nouvelles méthodes d'analyse de l'ADN permettent aux scientifiques de comparer directement l'ADN, ce qui permet de mieux comprendre comment les organismes sont liés et comment les changements se produisent entre les populations.

Interprétation des cladogrammes

Dans les cladogrammes suivants, il semble que deux phylogénies différentes soient présentées. Dans le cladogramme de droite, il apparaît que A est plus étroitement lié à C que dans le cladogramme de gauche. C'est simplement une astuce de présentation, mais cela n'a aucun sens en termes de relation. Ces deux cladogrammes représentent en fait une même phylogénie.

Lors de la création ou de la lecture d'un cladogramme, il est important de se rappeler que les seules caractéristiques importantes du cladogramme sont les lignes et les nœuds. Dans ces deux cladogrammes, les longueurs des lignes sont à peu près les mêmes et plus important encore, les nœuds sont aux mêmes endroits. Dans les deux diagrammes, A et B partagent un nœud qui est plus éloigné de l'origine de la ligne dans le diagramme. Cela nous indique que A et B sont plus étroitement liés que C ne l'est à l'un ou l'autre groupe. L'ordre de A et B, ainsi que l'orientation des lignes, n'a pas d'importance. Un cladogramme peut être dessiné de gauche à droite, de droite à gauche, de haut en bas ou de bas en haut. Certains grands cladogrammes sont même façonnés en cercle pour inclure tous les groupes qu'ils représentent. Dans certains cladogrammes, le temps d'évolution en millions d'années est représenté pour donner une approximation à partir des longueurs des lignes.


L'état de l'annotation sexuelle dans les ressources omiques

Les ressources Omics compilent les résultats de milliers d'études pour résumer les relations biologiques. Alors que certains chercheurs considèrent régulièrement le sexe comme une variable biologique, le NIH a déterminé que la recherche fondamentale et préclinique continue de souffrir de la surreprésentation des hommes 9 . Cela entraîne à son tour un biais dans les référentiels de données primaires (par exemple, GEO (Gene Expression Omnibus) 12 ) à moins que la ressource nécessite une annotation sexuelle lors de la soumission (par exemple, TCGA (The Cancer Genome Atlas) 13 , GTEx (Genotype-Tissue Expression ) 14 ).

Il existe actuellement 702 ressources cataloguées qui documentent collectivement toutes les voies biologiques et interactions moléculaires connues à travers 24 organismes 15 . Parmi ceux-ci, 370 (53%) fournissent des références aux principales publications qui décrivent à l'origine les connaissances. Parmi les cinq ressources les plus citées, à partir desquelles plusieurs outils d'analyse tiers sont construits, toutes fournissent des citations mais aucune n'annote le sexe des sujets qui ont généré les résultats (tableau 1).

Alors que certaines ressources ayant des intérêts de niche (par exemple, DICE 16 (la base de données sur l'expression des cellules immunitaires, les loci des traits quantitatifs d'expression (eQTL) et l'épigénomique)) reconnaissent l'importance biologique du sexe et l'ont incorporée dans leurs outils d'interrogation, la plupart n'ont pas encore adopter cette pratique. Ces ressources sont souvent utilisées pour des analyses génomiques fonctionnelles, de sorte que la recherche qui les utilise, même si le sexe est pris en compte dans la conception expérimentale, ne tient pas compte des nombreux mécanismes moléculaires par lesquels les hommes et les femmes diffèrent fondamentalement. Il est important de reconnaître que l'utilisation de ces bases de données comme norme pour évaluer les deux sexes peut donner lieu à des résultats trompeurs.


Quel est le rôle des personnes asymptomatiques dans la propagation du virus ?

Les personnes symptomatiques ne sont pas le seul moyen d'excrétion du virus. On sait qu'au moins 44% de toutes les infections - et la majorité des transmissions communautaires - surviennent chez des personnes sans aucun symptôme (personnes asymptomatiques ou pré-symptomatiques). Vous pouvez répandre le virus dans l'environnement jusqu'à 5 jours avant l'apparition des symptômes.

Les personnes infectieuses sont de tous âges et elles excrètent toutes des quantités différentes de virus. La figure ci-dessous montre que quel que soit votre âge (axe des x), vous pouvez avoir un peu de virus ou beaucoup de virus (axe des y). (réf)

La quantité de virus libérée par une personne infectée change au cours de l'infection et est également différente d'une personne à l'autre. La charge virale s'accumule généralement jusqu'au point où la personne devient symptomatique. Ainsi, juste avant l'apparition des symptômes, vous libérez le plus de virus dans l'environnement. Fait intéressant, les données montrent que seulement 20 % des personnes infectées sont responsables de 99 % de la charge virale qui pourrait potentiellement être rejetée dans l'environnement ( réf )

Venons-en maintenant au cœur du problème. Où sont les dangers personnels de la réouverture ?

Quand vous pensez aux grappes d'épidémies, quelles sont les plus importantes qui vous viennent à l'esprit ? La plupart des gens diraient des bateaux de croisière. Mais vous auriez tort. Les épidémies de navires, bien que préoccupantes, ne figurent pas dans le top 50 des épidémies à ce jour.

Ignorant les terribles épidémies dans les maisons de soins infirmiers, nous constatons que les plus grandes épidémies se produisent dans les prisons, les cérémonies religieuses et les lieux de travail, tels que les installations de conditionnement de viande et les centres d'appels. Tout environnement clos, avec une mauvaise circulation de l'air et une forte densité de personnes, est source de problèmes.

Certains des plus grands événements de super-diffusion sont :

Emballage de la viande : Dans les usines de transformation de la viande, les travailleurs densément emballés doivent communiquer entre eux au milieu du tambour assourdissant des machines industrielles et d'un environnement de chambre froide préservant les virus. Il y a maintenant des épidémies dans 115 établissements dans 23 États, plus de 5 000 travailleurs infectés, avec 20 morts. (réf)

Mariages, enterrements, anniversaires : 10 % des événements à diffusion précoce

Réseautage d'affaires : réseautage d'affaires en face à face comme la conférence Biogen à Boston fin février.

Alors que nous retournons au travail ou que nous allons au restaurant, regardons ce qui peut arriver dans ces environnements.

Restaurants: Une très bonne épidémiologie du cuir de chaussures a clairement démontré l'effet d'un seul porteur asymptomatique dans un environnement de restaurant (voir ci-dessous). La personne infectée (A1) s'est assise à une table et a dîné avec 9 amis. Le dîner a pris environ 1 à 1,5 heures. Au cours de ce repas, le porteur asymptomatique a libéré de faibles niveaux de virus dans l'air par sa respiration. Le flux d'air (des différentes bouches d'aération du restaurant) était de droite à gauche. Environ 50% des personnes à la table des personnes infectées sont tombées malades au cours des 7 jours suivants. 75% des personnes sur la table sous le vent adjacente ont été infectées. Et même 2 des 7 personnes sur la table au vent ont été infectées (on pense que cela se produit par un flux d'air turbulent). Personne aux tables E ou F n'a été infecté, ils étaient hors du flux d'air principal du climatiseur à droite au ventilateur d'extraction à gauche de la pièce. (Réf)

Lieux de travail: Un autre bon exemple est l'épidémie dans un centre d'appels (voir ci-dessous). Un seul employé infecté est venu travailler au 11e étage d'un immeuble. Cet étage comptait 216 employés. En une semaine, 94 de ces personnes ont été infectées (43,5% : les chaises bleues). 92 de ces 94 personnes sont tombées malades (seulement 2 sont restées asymptomatiques). Remarquez comment un côté du bureau est principalement infecté, alors qu'il y a très peu de personnes infectées de l'autre côté. Alors que le nombre exact de personnes infectées par des gouttelettes respiratoires / exposition respiratoire par rapport à la transmission par des objets passifs (poignées de porte, refroidisseurs d'eau partagés, boutons d'ascenseur, etc.) est inconnu. Il sert à souligner qu'être dans un espace clos, partager le même air pendant une période prolongée augmente vos risques d'exposition et d'infection. 3 autres personnes sur d'autres étages du bâtiment ont été infectées, mais les auteurs n'ont pas été en mesure de retracer l'infection jusqu'au groupe primaire du 11e étage. Fait intéressant, même s'il y avait une interaction considérable entre les travailleurs à différents étages du bâtiment dans les ascenseurs et le hall, l'épidémie s'est principalement limitée à un seul étage (réf). Cela met en évidence l'importance de l'exposition et du temps dans la propagation du SRAS-CoV2.

Chorale: La chorale communautaire de l'État de Washington. Même si les gens étaient au courant du virus et ont pris des mesures pour minimiser le transfert, par ex. elles ou ils évitéles poignées de main et les câlins habituels bonjour, les gens ont également apporté leur propre musique pour éviter le partage, et se sont distanciés socialement pendant la pratique. Ils se sont même donné la peine de dire aux membres de la chorale avant la pratique que toute personne présentant des symptômes devrait rester à la maison. Un seul porteur asymptomatique a infecté la plupart des personnes présentes. Le chœur a chanté pendant 2 heures et demie, à l'intérieur d'une salle de répétition fermée qui avait à peu près la taille d'un terrain de volley-ball.

En chantant, à un plus que de parler, aérosol extraordinairement bien les gouttelettes respiratoires. La respiration profonde en chantant a facilité l'entrée de ces gouttelettes respiratoires dans les poumons. Deux heures et demie d'exposition ont assuré que les personnes étaient exposées à suffisamment de virus sur une période suffisamment longue pour que l'infection se produise. Sur une période de 4 jours, 45 des 60 membres de la chorale ont développé des symptômes, 2 sont décédés. Le plus jeune infecté avait 31 ans, mais il avait en moyenne 67 ans. (lien corrigé)

Sports d'intérieur: Bien que cela puisse être uniquement canadien, un événement de super diffusion s'est produit lors d'un événement de curling au Canada. Un événement de curling avec 72 participants est devenu un autre point chaud pour la transmission. Le curling met les concurrents et les coéquipiers en contact étroit dans un environnement intérieur frais, avec une respiration lourde pendant une période prolongée. Ce tournoi a entraîné l'infection de 24 des 72 personnes. (réf)

Fêtes d'anniversaire / enterrements: Juste pour voir à quel point les chaînes d'infection peuvent être simples, voici une histoire vraie de Chicago. Le nom est faux. Bob était infecté mais ne savait pas. Bob a partagé un repas à emporter, servi à partir de plats de service communs, avec 2 membres de la famille. Le dîner a duré 3 heures. Le lendemain, Bob a assisté à des funérailles, serrant dans ses bras les membres de sa famille et les autres personnes présentes pour exprimer ses condoléances. Dans les 4 jours, les deux membres de la famille qui ont partagé le repas sont malades. Un troisième membre de la famille, qui a serré Bob dans ses bras lors des funérailles, est tombé malade. Mais Bob n'avait pas fini. Bob a assisté à une fête d'anniversaire avec 9 autres personnes. Ils se sont embrassés et ont partagé de la nourriture lors de la fête de 3 heures. Sept de ces personnes sont tombées malades.

Mais la chaîne de transmission de Bob n'était pas terminée. Trois des personnes infectées par Bob à l'anniversaire sont allées à l'église, où elles ont chanté, distribué le plat de la dîme, etc. Les membres de cette église sont tombés malades. Au total, Bob était directement responsable de l'infection de 16 personnes âgées de 5 à 86 ans. Trois d'entre elles sont décédées.

On pense que la propagation du virus au sein du ménage et de retour dans la communauté par le biais de funérailles, d'anniversaires et de rassemblements religieux est responsable de la transmission plus large du COVID-19 à Chicago. (réf)


Vous êtes-vous déjà senti submergé par la lecture d'articles, et comment gérez-vous cela ?

Tout le temps. Si le document concerne un problème que j'essaie de résoudre, vous pouvez être sûr qu'il contient des éléments clés que je ne comprends pas. Cette confusion n'est pas une menace, c'est une opportunité. Je suis ignorant, je dois devenir moins ignorant. Ce papier peut m'aider.

Simultanément, certains articles sont terriblement écrits et n'en valent pas la peine. Quelqu'un d'autre a sûrement écrit plus clairement sur les concepts afin que je puisse concentrer ma confusion sur la compréhension de la substance plutôt que sur une mauvaise grammaire.
- Nosek

Je suis particulièrement débordé si ce n'est pas dans mon sous-domaine, si c'est long et si c'est plein de jargon technique. Lorsque cela se produit, je le décompose en morceaux et je le lirai au cours de quelques jours, si possible. Pour les papiers vraiment difficiles, il est également utile de s'asseoir et de travailler avec un collègue.
- Shanahan

Oui plusieurs fois. C'est pourquoi j'ai développé mes propres stratégies de lecture, en discutant avec d'autres scientifiques et par essais et erreurs. J'ai également levé les bras en l'air de frustration et jeté les papiers incriminés, pour ne plus jamais les lire.
- Boehnke

Oui, et dans ces cas, vous devez comprendre que certains articles sont le résultat d'années de travail de dizaines de scientifiques. S'attendre à tout digérer et tout comprendre en une après-midi est une idée farfelue.
- Borniger

Je me suis souvent senti dépassé ! Mais certaines sections pourraient ne pas avoir besoin d'une compréhension aussi approfondie que d'autres. Vous devez également connaître vos propres limites : y a-t-il des parties du papier que vous aimeriez imiter mais qui ne font pas partie de votre expertise et pourraient devenir « accessibles » grâce à des collaborations ?
- Tubiana

Si je sens que le papier est très important pour ce que je fais, je vais le laisser un moment et y revenir plusieurs fois. Mais si c'est trop accablant, alors je dois le laisser de côté, à moins que quelqu'un parmi les collègues que j'ai contacté ait pu l'interpréter.
- McDowell


La réglementation aide à minimiser les risques

Au fur et à mesure que de nouvelles découvertes biotechnologiques sont faites, les gouvernements élaborent des règlements, des lois et des lignes directrices pour minimiser les risques pour les personnes et l'environnement. En Nouvelle-Zélande, l'Environmental Risk Management Authority (ERMA) est l'organisme gouvernemental qui réglemente et gère les risques concernant les nouveaux organismes. L'ERMA a été dissoute en juin 2011 et ses fonctions ont été intégrées à l'Autorité de protection de l'environnement (EPA).

Les organisations néo-zélandaises impliquées dans la recherche ont leurs propres comités d'éthique pour s'assurer que la recherche impliquant des humains et des animaux respecte les directives éthiques.


La biologie

Utilisez les boutons précédent et suivant pour changer la diapositive affichée.

Un professeur de biologie reçoit un prix de conseil international

Le Dr Teresa Mutahi, maître de conférences et coordinatrice de premier cycle pour la majeure en biologie de l'UF, a reçu un certificat de mérite NACADA du prix du nouveau conseiller exceptionnel - rôle de conseiller principal. NACADA est l'association internationale qui promeut un conseil académique de qualité dans l'enseignement supérieur. Le programme NACADA Global Awards pour le conseil académique honore les individus et les institutions [&hellip]

Un étudiant diplômé en biologie remporte la vitrine de l'Institut de génétique

L'étudiant diplômé en biologie Keon Wimberly (étudiant au doctorat au laboratoire de Keith Choe) est le gagnant de la vitrine des étudiants diplômés de l'UF Genetics Institute 2021! Les étudiants impliqués dans cette conférence virtuelle provenaient de laboratoires affiliés à l'UFGI. Ils ont présenté des exposés de 3 minutes sur leurs recherches à l'aide d'une diapositive. Keon a été reconnu pour son discours « Identification d'une nouvelle kinase dans le stress cellulaire ». [&hellip]

L'ESA récompense quatre diplômés en biologie

L'ESA honore quatre anciens élèves de biologie L'Ecological Society of America (ESA) a décerné des prix spéciaux à quatre diplômés du département de biologie. Becky Ostertag (Putz Lab Ph.D. 1998 maintenant professeur de biologie à l'Université d'Hawaï, Hilo) et Amy Zanne (Chapman Lab, Ph.D. 2003 maintenant professeur agrégé de biologie [&hellip]

Top 50 des articles de 2020 du Cummings Lab

Une publication du laboratoire du professeur de biologie Derek Cummings est reconnue comme l'un des articles les plus lus de Nature Communications en 2020 (sciences de la vie et biologiques). L'article « Une revue systématique de l'immunité à médiation par les anticorps contre les coronavirus : cinétique, corrélats de protection et association avec la gravité » est également l'un des 50 premiers SARS-CoV-2 [&hellip]


Résultats

Assemblage des transcriptomes du serpent des blés, du gecko léopard et de l'alligator américain

Pour Pennsylvanie guttatus et E. macularius , nous avons utilisé les technologies « 454 » et Illumina pour séquencer une bibliothèque normalisée multitissus (rein, testicules et cerveau) de trois individus adultes, ainsi qu'une bibliothèque normalisée d'embryons de divers stades de développement. De plus, le VNO lit que nous avons séquencé pour Pennsylvanie guttatus ( Brykczynska et al. 2013 ) ont été inclus dans l'analyse. Le nombre de « 454 » lectures obtenues pour chaque bibliothèque varie entre 45 000 et 343 000 (tableau 2), avec une longueur de lecture moyenne de 219 à 401 pb. Le nombre de lectures appariées Illumina 100 base variait de 128 millions (M) dans E. macularius (jeu de données adultes) à 145M dans Pennsylvanie guttatus (adulte). Les jeux de données individuels (adultes, embryons, VNO) et mixtes (toutes lectures) obtenus avec la technologie « 454 » ont été assemblés à l'aide de NGen ( fig. 2UNE ). Le pourcentage de lectures rejetées en raison d'un filtrage et d'un rognage de qualité variait de 0,6 % à 25,8 % ( tableau 2 ). La même approche a été utilisée pour assembler les UNEje. mississippiensis le transcriptome cérébral « 454 » lit (Kunstner et al. 2010 SRR029332). L'assemblage « 454 » a ensuite été utilisé comme modèle pour supprimer les lectures Illumina redondantes ( fig. 2B ). Selon l'ensemble de données, 48 ​​à 75 % des lectures Illumina correspondent à l'assemblage « 454 », ce pourcentage étant plus élevé pour le E. macularius que pour le Pennsylvanie guttatus assemblées. Quarante millions des lectures Illumina non alignées restantes ont ensuite été assemblées de novo ( fig. 2C ). Cet assemblage a été utilisé comme modèle pour toutes les lectures Illumina non alignées ( fig. 2 ). Pourtant, les lectures Illumina non assemblées ont été assemblées de novo par lots de 40M ( fig. 2E ). Les assemblages finaux se composaient des contigs et singletons « 454 » et des contigs Illumina. LANE runner 2.0 a été utilisé pour supprimer les séquences d'adaptateur dans les contigs. Plus de 95 % des contigs/singletons des ensembles de données individuels alignés sur la séquence d'assemblage du mélange (tableau supplémentaire S2, matériel supplémentaire en ligne), ce dernier a donc été utilisé pour l'annotation ultérieure.

Statistiques de flux de travail d'assemblage NGen

. Pantherophis guttatus . Eublepharis macularius .
. Adultes . Embryons. VNO. Mélanger. Adultes . Embryons. Mélanger.
Nombre de plaques 1 1 1 3 1 1 2
454 lectures 135,630 45,417 343,062 524,109 112,760 79,437 192,197
454 rejetés 8,557 (6.3%) 4,374 (9.6%) 1,912 (0.6%) 15,071 (2.9%) 29,056 (25.8%) 4,466 (5.6%) 33,522 (17.4%)
454 contigs 17,570 6,133 38,666 45,955 10,635 6,595 17,876
454 singletons 27,826 17,069 56,632 98,265 26,200 13,434 28,215
Un V. longueur contig 556 499 447 497 393 545 712
Supérieur à 500 pb 9,585 2,951 12,369 17,075 3,192 3,439 13,122
Supérieur à 1 Ko 1,471 343 1,325 3,667 265 595 3,404
454 assemblée 45,396 23,202 95,298 144,220 36,835 20,029 46,091
Nombre de voies 0.5 0.5 0.5 1.5 0.5 0.5 1
Illumina lit 145M 129,8 millions 54,4 millions 329.2M 128M 129,8 millions 257.8M
Aligné sur 454 92 millions (63%) 62,8 millions (48 %) 32,3 millions (59 %) 216,9 millions (66%) 82 millions (64%) 94,8 millions (73 %) 194,2 millions (75 %)
Illumina contig 63,227 86,371 28,453 134,457 50,737 36,254 64,902
Un V. longueur contig 423 394 575 396 410 454 389
Supérieur à 500 pb 20,805 25,892 14,891 39,300 15,131 13,668 18,577
Supérieur à 1 Ko 2,738 3,570 2,652 3,589 953 2,097 1,831
Nombre d'itérations 1 2 1 3 1 1 2
L'assemblage final 108,623 109,573 123,751 278,677 87,572 56,283 110,993
Après le retrait de l'adaptateur 108,678 109,589 124,012 279,699 87,703 56,302 111,237
. Pantherophis guttatus . Eublepharis macularius .
. Adultes . Embryons. VNO. Mélanger. Adultes . Embryons. Mélanger.
Nombre de plaques 1 1 1 3 1 1 2
454 lectures 135,630 45,417 343,062 524,109 112,760 79,437 192,197
454 rejetés 8,557 (6.3%) 4,374 (9.6%) 1,912 (0.6%) 15,071 (2.9%) 29,056 (25.8%) 4,466 (5.6%) 33,522 (17.4%)
454 contigs 17,570 6,133 38,666 45,955 10,635 6,595 17,876
454 singletons 27,826 17,069 56,632 98,265 26,200 13,434 28,215
Un V. longueur contig 556 499 447 497 393 545 712
Supérieur à 500 pb 9,585 2,951 12,369 17,075 3,192 3,439 13,122
Supérieur à 1 Ko 1,471 343 1,325 3,667 265 595 3,404
454 assemblée 45,396 23,202 95,298 144,220 36,835 20,029 46,091
Nombre de voies 0.5 0.5 0.5 1.5 0.5 0.5 1
Illumina lit 145M 129,8 millions 54,4 millions 329.2M 128M 129,8 millions 257.8M
Aligné sur 454 92 millions (63%) 62,8 millions (48 %) 32,3 millions (59 %) 216,9 millions (66%) 82 millions (64%) 94,8 millions (73 %) 194,2 millions (75 %)
Illumina contig 63,227 86,371 28,453 134,457 50,737 36,254 64,902
Un V. longueur contig 423 394 575 396 410 454 389
Supérieur à 500 pb 20,805 25,892 14,891 39,300 15,131 13,668 18,577
Supérieur à 1 Ko 2,738 3,570 2,652 3,589 953 2,097 1,831
Nombre d'itérations 1 2 1 3 1 1 2
L'assemblage final 108,623 109,573 123,751 278,677 87,572 56,283 110,993
Après le retrait de l'adaptateur 108,678 109,589 124,012 279,699 87,703 56,302 111,237

N ote .—Les deux premières lignes ombrées correspondent au nombre total de contigs/singletons obtenus à partir des lectures "454" et Illumina, et la troisième ligne ombrée correspond au nombre total de contigs/singletons après retrait des adaptateurs.

Statistiques de flux de travail d'assemblage NGen

. Pantherophis guttatus . Eublepharis macularius .
. Adultes . Embryons. VNO. Mélanger. Adultes . Embryons. Mélanger.
Nombre de plaques 1 1 1 3 1 1 2
454 lectures 135,630 45,417 343,062 524,109 112,760 79,437 192,197
454 rejetés 8,557 (6.3%) 4,374 (9.6%) 1,912 (0.6%) 15,071 (2.9%) 29,056 (25.8%) 4,466 (5.6%) 33,522 (17.4%)
454 contigs 17,570 6,133 38,666 45,955 10,635 6,595 17,876
454 singletons 27,826 17,069 56,632 98,265 26,200 13,434 28,215
Un V. longueur contig 556 499 447 497 393 545 712
Supérieur à 500 pb 9,585 2,951 12,369 17,075 3,192 3,439 13,122
Supérieur à 1 Ko 1,471 343 1,325 3,667 265 595 3,404
454 assemblée 45,396 23,202 95,298 144,220 36,835 20,029 46,091
Nombre de voies 0.5 0.5 0.5 1.5 0.5 0.5 1
Illumina lit 145M 129,8 millions 54,4 millions 329.2M 128M 129,8 millions 257.8M
Aligné sur 454 92 millions (63%) 62,8 millions (48 %) 32,3 millions (59 %) 216,9 millions (66%) 82 millions (64%) 94,8 millions (73 %) 194,2 millions (75 %)
Illumina contig 63,227 86,371 28,453 134,457 50,737 36,254 64,902
Un V. longueur contig 423 394 575 396 410 454 389
Supérieur à 500 pb 20,805 25,892 14,891 39,300 15,131 13,668 18,577
Supérieur à 1 Ko 2,738 3,570 2,652 3,589 953 2,097 1,831
Nombre d'itérations 1 2 1 3 1 1 2
L'assemblage final 108,623 109,573 123,751 278,677 87,572 56,283 110,993
Après le retrait de l'adaptateur 108,678 109,589 124,012 279,699 87,703 56,302 111,237
. Pantherophis guttatus . Eublepharis macularius .
. Adultes . Embryons. VNO. Mélanger. Adultes . Embryons. Mélanger.
Nombre de plaques 1 1 1 3 1 1 2
454 lectures 135,630 45,417 343,062 524,109 112,760 79,437 192,197
454 rejetés 8,557 (6.3%) 4,374 (9.6%) 1,912 (0.6%) 15,071 (2.9%) 29,056 (25.8%) 4,466 (5.6%) 33,522 (17.4%)
454 contigs 17,570 6,133 38,666 45,955 10,635 6,595 17,876
454 singletons 27,826 17,069 56,632 98,265 26,200 13,434 28,215
Un V. longueur contig 556 499 447 497 393 545 712
Supérieur à 500 pb 9,585 2,951 12,369 17,075 3,192 3,439 13,122
Supérieur à 1 Ko 1,471 343 1,325 3,667 265 595 3,404
454 assemblage 45,396 23,202 95,298 144,220 36,835 20,029 46,091
Nombre de voies 0.5 0.5 0.5 1.5 0.5 0.5 1
Illumina lit 145M 129,8 millions 54,4 millions 329.2M 128M 129,8 millions 257.8M
Aligné sur 454 92 millions (63%) 62,8 millions (48 %) 32,3 millions (59 %) 216,9 millions (66%) 82 millions (64%) 94,8 millions (73 %) 194,2 millions (75 %)
Illumina contig 63,227 86,371 28,453 134,457 50,737 36,254 64,902
Un V. longueur contig 423 394 575 396 410 454 389
Supérieur à 500 pb 20,805 25,892 14,891 39,300 15,131 13,668 18,577
Supérieur à 1 Ko 2,738 3,570 2,652 3,589 953 2,097 1,831
Nombre d'itérations 1 2 1 3 1 1 2
L'assemblage final 108,623 109,573 123,751 278,677 87,572 56,283 110,993
Après le retrait de l'adaptateur 108,678 109,589 124,012 279,699 87,703 56,302 111,237

N ote .—Les deux premières lignes ombrées correspondent au nombre total de contigs/singletons obtenus à partir des lectures "454" et Illumina, et la troisième ligne ombrée correspond au nombre total de contigs/singletons après retrait des adaptateurs.

Annotation des transcriptomes

En plus de ces trois transcriptomes reptiliens nouvellement assemblés (serpent des blés, gecko léopard et alligator américain), cinq autres transcriptomes, provenant de différents tissus et stades de développement, ont été annotés : Cham. caméléon , T. elegans , P. molure , S. ponctuation , et C. ocelle ( fig. 1 et tableau 1 ). Tout d'abord, nous avons prétraité les assemblages en 1) supprimant les séquences d'une longueur 90 nucléotides et 2) en regroupant ≥ 95 % de séquences identiques à l'aide de CD-HIT-EST (Li et Godzik 2006 Fu et al. 2012) en ne conservant que la séquence la plus longue de chaque grappe ( fig. 3 ).

Notre pipeline d'annotations (fig. 3 et fig. S1 supplémentaire, matériel supplémentaire en ligne) consiste en des recherches BLAST itératives et une identification de RBBH pour un résultat de meilleure qualité, toutes les étapes étant effectuées avec la version mise à jour de LANE runner (version 2.0). Les contigs et singletons filtrés de chaque transcriptome reptilien ont été comparés par une recherche BLASTn à 1) le génome mitochondrial de l'espèce correspondante ou celui d'une espèce étroitement apparentée et 2) une base de données comprenant les séquences d'ARNnc Ensembl v73 de huit espèces de référence : UNE. carolinensis , Gallus gallus , Taeniopygia guttata , Pe. sinensis, Mus musculus , Homo sapiens , Xenopus tropicalis, et Danio rerio (ci-après nommé Anolis, Gallus, Taeniopygia, Pelodiscus Mus, Homo, Xenopus et Danio , pour les distinguer comme espèces de référence des espèces annotées) . Moins de 1 % des contigs et des singletons correspondaient à des séquences d'ADNmt et seulement 1 à 4 % à des ARNnc (fig. 4). Les RBBH ont été identifiés à l'aide de recherches tBLASTx dans les bases de données d'ADNc codant Ensembl v73 et « UniGene November 2013 » de chaque espèce de référence (fig. 3, voir le matériel supplémentaire en ligne pour plus de détails). Deuxièmement, les séquences encore non annotées par ce processus itératif ont été alignées avec tBLASTx contre une base de données « NCBI (National Center for Biotechnology Information) novembre 2013 » contenant des séquences d'ARNm de Sauropsida. Les séquences annotées ont été divisées en deux ensembles de données : 1) Un ensemble de données d'annotation comprenant toutes les séquences annotées (avec et sans RBBH) et 2) un ensemble de données phylogéniques de haute qualité comprenant uniquement les séquences annotées avec un RBBH. Dans une dernière série de recherches BLAST, les contigs/singletons non annotés de chaque espèce reptilienne ont été comparés à l'ensemble de données d'annotation et aux séquences non annotées des sept autres transcriptomes reptiliens. Enfin, les séquences restantes ont été masquées à l'aide de RepeatMasker pour vérifier si leur absence d'annotation était due à la présence d'éléments répétitifs. Les séquences dépourvues d'annotation après tous ces processus sont appelées orphelines (fig. supplémentaire S1 , Matériel supplémentaire en ligne).

Graphiques circulaires montrant le pourcentage de contig/singletons annotés à chaque étape du pipeline. Le nombre de séquences d'entrée pour chaque transcriptome est indiqué au milieu de chaque graphique.

Graphiques circulaires montrant le pourcentage de contig/singletons annotés à chaque étape du pipeline. Le nombre de séquences d'entrée pour chaque transcriptome est indiqué au milieu de chaque graphique.

Comme le montre la figure 4 , le succès des annotations est élevé mais varie selon les espèces, le nombre d'orphelins allant de 30 % dans S. punctatus à 51 % en C. ocellatus . Par rapport au transcriptome reptilien v1, ce pourcentage est amélioré (c. Cette étape a en effet abouti à l'annotation de 11 à 26% des contigs et singletons filtrés, le pourcentage étant le plus élevé pour les transcriptomes de serpents et UNEje. mississippiensis . En revanche, la base de données UniGene a apporté peu d'amélioration de l'annotation (1 à 3% du total), probablement en raison de son fort chevauchement avec la base de données Ensembl cDNA. Le pourcentage de séquences d'entrée avec un RBBH varie de 19 à 47%, avec les plus grandes proportions trouvées dans S. punctatus et P. molurus transcriptome.

Les recherches BLAST parmi les transcriptomes reptiliens ont considérablement amélioré l'annotation des serpents ( fig. 4 et 5 ), puisque 7 à 10 % de leurs contigs/singletons correspondaient à d'autres transcriptomes, principalement ceux d'autres serpents. En particulier, 93 % des T. elegans séquences encore non annotées après les recherches BLAST contre les ARNm Ensembl, UniGene et NCBI Sauropsida, correspondaient à un Pennsylvanie guttatus séquence ( fig. 5 ). Des résultats similaires sont obtenus pour la comparaison inverse (87 % des Pennsylvanie guttatus séquences appariées T. elegans ). Ces résultats suggèrent fortement que ces séquences représentent des transcrits spécifiques aux serpents. Pour les autres transcriptomes, seul un petit nombre (<1200) de contigs/singletons ont été annotés, probablement parce qu'aucun de ces reptiles n'est plus proche les uns des autres qu'à l'une des espèces de référence Archosauria ou Squamata ( Anolis et Gallus ) ( Fig. 1 ). Enfin, très peu d'éléments répétitifs ont été identifiés, avec le pourcentage le plus élevé de séquences masquées dans UNEje. mississippiensis (4%) et ≤1% pour toutes les autres espèces.

Graphiques circulaires montrant le pourcentage de contigs/singletons non annotés qui correspondent aux autres transcriptomes reptiliens annotés. Le nombre total de hits est indiqué au milieu de chaque graphique.

Graphiques circulaires montrant le pourcentage de contigs/singletons non annotés qui correspondent aux autres transcriptomes reptiliens annotés. Le nombre total de hits est indiqué au milieu de chaque graphique.

Même si le nombre de séquences d'entrée annotées ici de chaque espèce reptilienne est plus important par rapport au Transcriptome reptilien v1 et à d'autres études transcriptomiques, le pourcentage d'orphelins est toujours substantiel, ce qui peut être dû à une combinaison de facteurs tels que 1) l'absence de données complètes de séquence du génome de l'espèce particulière pour une annotation étendue, 2) la présence d'artefacts de séquençage ou d'assemblage, 3) la présence de contaminations génomiques dans les bibliothèques d'ADNc, 4) la grande distance évolutive des huit espèces reptiliennes de l'espèce de référence ( fig. . 1 )- Anolis étant l'espèce de référence la plus proche de Squamata (144-197 Myr) et de S. punctatus (271 Ma), alors que Gallus est le plus étroitement lié à UNEje. mississippiensis (219 Myr) - et 5) la présence de vrais orphelins (également appelés gènes taxonomiquement restreints), qui manquent de similitude de séquence ou même d'homologie avec les gènes d'autres espèces et, selon l'organisme, peuvent correspondre à 10-20% de tous gènes ( Khalturin et al. 2009 Tautz et Domazet-Loso 2011 ).

Pour tenter d'écarter certaines de ces hypothèses, nous avons comparé les orphelins aux génomes reptiliens disponibles. Nous avons cartographié tous les contigs sauf 87 sur les 11 435 P. molurus orphelins, 98,1% des 89 329 Pennsylvanie guttatus orphelins, et 95 % des 20 441 UNEje. mississippiensis orphelins à leurs génomes respectifs en utilisant NGen. Nous avons obtenu des résultats similaires en effectuant une recherche BLASTn sur le génome de chaque espèce correspondante. Ainsi, au moins pour ces trois espèces, la grande majorité des contigs/singletons non annotés ne sont pas des artefacts mais doivent être soit de vrais transcrits, soit des contaminations d'ADN génomique (introns, régions intergéniques). De plus, nous avons aligné les Pennsylvanie guttatus et T. elegans orphelins aux deux génomes de serpents disponibles : P. molurus (100 Myr) et le cobra royal O. Hannah (44 millions d'euros). Vingt-six pour cent sur 63 631 T. elegans orphelins et 30% sur 89 329 Pennsylvanie guttatus les orphelins ont été alignés sur le P. molurus génome, alors que ces pourcentages ont fortement augmenté (68% et 74%) pour la comparaison avec les plus proches O. Hannah génome. Ces résultats confirment que ces orphelins sont de véritables transcrits.

Enfin, nous avons comparé les statistiques de qualité des contigs/singletons annotés et des orphelins (tableau supplémentaire S3 , Matériel supplémentaire en ligne) avec un échantillon à deux t -test. In all transcriptomes, the average length of the annotated sequences is significantly greater than that of the orphans ( P value < 0.001). This measure remains significant even if we consider separately the average length of contigs and singletons. The contig coverage (average number of reads per contig) is also significantly higher for the annotated than for the orphan contigs ( P value < 0.001). Par exemple, dans P. molurus et T. elegans , there is almost a 5-fold coverage difference between annotated contigs and orphans.

Consensus Sequences Statistics

Following the BLAST searches, we used LANE runner 2.0 to assemble “consensuses” (see Materials and Methods for details). When a single input sequence matches a database sequence, it is labeled as a “one-to-one consensus” and the input sequence takes the name of the database sequence. When multiple contigs/singletons match the same database sequence, LANE runner 2.0 performs Clustal Omega ( Sievers and Higgins 2014 ) alignments to define the relative positions of the input sequences and assembles them into a “one-to-many consensus.”

Overall, 20–39% of the consensuses are “one-to-many” ( supplementary table S4 , Supplementary Material online) with an average transcript coverage of 18–40%. In the case of the Ensembl phylogeny data set, we observe a greater percentage of “one-to-many consensuses” (28–54%) and a large mean coverage of these transcripts (19–39%). To investigate whether the coverage of transcripts in all our analyzed data sets is 3′- or 5′-biased, we split the “one-to-many consensuses” against Anolis genes into three parts: The 3′ 30%, the middle 40%, and the 5′ 30%. We observed that in the 3′- and 5′-ends, the percentage of gaps ranged from 64% to 90% versus 49–72% in the middle. As we extended the Anolis cDNAs with 1,000-bases upstream and downstream of the CDS (in order to include the missing UTRs), the lower coverage of these regions suggests that some of them are not part of the real mRNAs or are highly variable between distantly related species.

In figure 6 , we show the distribution of the consensus sequences named after an Ensembl or UniGene reference species gene. For all transcriptomes, most consensus sequences are named after the first reference species (used in the iterative BLAST searches) selected to be the most closely related to the species being annotated: Gallus is used for the annotation of 46% of the UNEje. mississippiensis sequences and Anolis is used for 46–74% of the sequences for the other reptilian species. For all the data sets, the combination of Anolis et Gallus sequences used as reference to build consensuses ranged from 56% to 87%. In all cases, there are more consensuses named after a Pelodiscus cDNA than after a Taeniopygie one, underlying the importance of using reference species from different taxonomic groups rather than several species from the same one. The remaining four non-Sauropsida species were used as reference to build only about 10% of the consensus sequences, due to their greater evolutionary distance.

Piecharts showing the percentage of consensus sequences annotated with each reference species in the Ensembl or UniGene databases. The total number of consensuses is indicated in the middle of each graph.

Piecharts showing the percentage of consensus sequences annotated with each reference species in the Ensembl or UniGene databases. The total number of consensuses is indicated in the middle of each graph.

Annotation of Genomes

We additionally annotated the genomes of three Crocodilia ( UNEje. mississippiensis , Cr. porosus, et G. gangeticus ) and a turtle ( Chr. picta ) à l'aide de Gallus et Pelodiscus exons extracted from Ensembl ( supplementary fig. S3 , Supplementary Material online). We selected Chr. picta because there is a preliminary gene annotation in “Ensembl Pre!” that can help us assess the efficiency and quality of our annotation pipeline. Pelodiscus exons and flanks, as well as Gallus exons were used to identify the corresponding Crocodilia exons, whereas only the Pelodiscus sequences were used for the Chr. picta genome annotation. Seventy percent of Pelodiscus sequences were aligned to the Chr. picta genome, resulting in 143,467 potential Chr. picta exons ( supplementary table S5 , Supplementary Material online). Almost all (99.8%) were assembled to transcripts after a BLASTn search against the Ensembl Pelodiscus coding cDNA database, resulting in 18,447 consensus sequences. To assess the quality of this annotation, the consensuses were compared with the Chr. picta preliminary gene annotation of Ensembl: 15,028 of 18,447 (81.3%) consensus sequences had a BLASTn hit (using the same settings as for the identification of mtDNA transcripts, but increasing the minimum %ID to 90% and lowering the e -value threshold to 10 − 5 to be more stringent), demonstrating the efficiency of our annotation pipeline.

Only 33% of the Pelodiscus et Gallus exons were aligned to the Crocodilia genomes ( supplementary table S5 , Supplementary Material online), probably because none of the reference species is closely related to these crocodilian genomes and, therefore, only well-conserved genes can be identified. For each Crocodilia, around 90,000 potential exons were retrieved and almost all of them (99.7–99.8) were assembled against a Gallus ou un Pelodiscus coding cDNA after a BLASTn search, yielding more than 17,000 consensus sequences. Note that the percentage of “one-to-many consensuses” (67% for Crocodilia and 87% for Chr. picta ) in these annotations of genomes is higher than in the annotations of transcriptomes. For the phylogeny data set (built only with sequences greater than 90 bp and, for Crocodilia, only with sequences named after a Gallus cDNA), the percentage of “one-to-many consensuses” is even higher (around 87% in the Crocodilia and 91% in Chr. picta ), indicating that most of the ≤90 bp short sequences correspond to “one-to-one consensuses.” Furthermore, there are 11,709 consensuses named after the same database sequence in UNEje. mississippiensis , G. gangeticus et Cr. porosus , possibly corresponding to well-conserved transcripts at this taxonomic level.

Comparison with Reference Data Sets

We verified the quality of our annotations by assessing their completeness against four established data sets ( fig. 7 ): A set of ubiquitously expressed genes in human tissues and cell lines ( Ramskold et al. 2009 ), a selection of eukaryotic genes from the CEGMA ( Parra et al. 2007 ), and two “Benchmarking sets of Universal Single-Copy Orthologs” (BUSCOs from OrthoDB7 [ Waterhouse et al. 2013 ]) in Vertebrata and Metazoa. The comparisons were performed by BLASTn searches of the reference data sets against the consensuses of the phylogeny data sets. In the case of UNEje. mississippiensis , the results of the transcriptome and genome annotations were combined.

Completeness of the annotated transcriptomes assessed with four reference data sets: Ramskold ubiquitously expressed genes in human (blue bars), CEGMA core human genes (red bars), OrthoDB7 BUSCOs from the vertebrate (green bars), and the metazoan (purple bars) radiation nodes. The species are ordered from higher to lower overlap with the Ramskold data set and Anolis is shown as reference.

Completeness of the annotated transcriptomes assessed with four reference data sets: Ramskold ubiquitously expressed genes in human (blue bars), CEGMA core human genes (red bars), OrthoDB7 BUSCOs from the vertebrate (green bars), and the metazoan (purple bars) radiation nodes. The species are ordered from higher to lower overlap with the Ramskold data set and Anolis is shown as reference.

Ramskold et al. (2009) identified 7,756 human Ensembl genes ubiquitously expressed in 16 organs and cell lines. These are mainly intracellular housekeeping genes involved in basic functions, such as metabolism, transcription or macromolecule synthesis. We identified roughly 80% of these genes in the Anolis reference genome. Note that it is unknown whether all of these genes are ubiquitously expressed in the corresponding 16 Anolis tissues/organs. We show the overlap with the Ramskold et al.’s core set of genes to be slightly higher for the C. ocellatus transcriptome annotation than for the Anolis genome ( fig. 7 ), underlying the quality of our C. ocellatus annotation. On the other hand, S. punctatus et P. molurus presented a substantially lower percentage (about 50%) of correspondence with this Ramskold et al.’s core set of genes. For all other species investigated, the percentages of overlap were intermediate (62–77%). The best percentage among Crocodilia was found for UNEje. mississippiensis (68%), possibly because transcriptomic and genomic data were combined for this species.

The CEGMA data set includes a set of 456 human transcripts that are highly conserved in a wide range of eukaryotic taxa and has been previously used to assess the quality of genome annotations ( Parra et al. 2007 ). CEGMA was built considering conserved genes in six organisms: Homo sapiens, Drosophila melanogaster , Arabidopsis thaliana , Caenorhabditis elegans , Saccharomyces cerevisiae et Schizosaccharomyces pombe , 449 of which have an Ensembl human identifier. Despite this high conservation among taxa, we identified only 90% of these genes in the Anolis reference genome ( fig. 7 ). The high percentage (>92%) of these genes identified in Pune. guttatus et C. ocellatus indicates the high-quality annotation we achieved here. The other species exhibited an overlap with the CEGMA data set between 73% and 86% (the lowest being, again, for S. puctatus et P. molurus ).

Finally, the two BUSCOs data sets, provided by OrthoDB7 ( Waterhouse et al. 2013 ) for the Metazoan and Vertebrata radiation nodes, correspond to sequences from orthologous groups with single-copy genes present in more than 90% of the species of the corresponding radiation node. There are 41 species in the Vertebrata BUSCOs (including Gallus et Anolis ) and 93 species in the Metazoan BUSCOs data sets (with 4,243 and 975 Anolis Ensembl identifiers, respectively). The Metazoan BUSCOs are a subset of the Vertebrate data set and correspond to genes conserved over a greater evolutionary period, explaining that we identify a substantially greater percentage of genes in the Metazoan (67–97% purple columns, fig. 7 ) than in the vertebrate (42–89% green columns) BUSCOs.

In short, and as supported by all reference data sets ( fig. 7 ), Pune. guttatus , T. elegans , C. ocellatus et Chr. picta data sets have the most complete annotations, whereas S. punctatus et P. molurus exhibit substantially less complete annotations. These results are consistent with the source of the corresponding transcriptomes: The S. punctatus transcriptome is from a nonnormalized library of a single early stage embryo (at which developmental point a restricted panel of genes is probably expressed) and the P. molurus transcriptome is from nonnormalized libraries of heart and liver, two organs in which a high proportion of mRNAs correspond to a low number of different transcripts ( Ramskold et al. 2009 ). Les Pune. guttatus et E. macularius transcriptomes, newly sequenced for this study, also exhibit substantial differences in their annotation completeness. Les Pune. guttatus transcriptome is more complete for two reasons: 1) The availability of the VNO transcriptome of Pune. guttatus doubles the number of contigs/singletons in that species, and 2) using three embryonic stages in Pune. guttatus , instead of two in E. macularius , probably enriched the transcript pool further. Note that, in general, the full length of the reference sequences was partially covered by the aligned reptilian transcripts: CEGMA mean coverage: 29–65%, Ramskold: 25–64%, BUSCOs Vertebrata: 28–69%, and BUSCOs Metazoa: 33–75%.

Large Phylogeny Inference

The phylogenetic positions of the tuatara S. punctatus and Testudines (turtles) have long been debated. The first phylogenomic analysis to investigate the question of the position of turtles ( Tzika et al. 2011 ) supported Testudines as the sister group to Archosauria. Two subsequent phylogenomic analyses, based on nucleotide/amino-acid ( Chiari et al. 2012 ) or ultraconserved-element alignments ( Crawford et al. 2012 ), confirmed this hypothesis. Here, using the Reptilian Transcriptomes 2.0, consisting of a greater number of species than the first version and of better annotated transcripts, we built yet improved data sets (up to 86,153 amino acids per species after quality trimming) and inferred maximum-likelihood phylogenomic trees that support the positions of turtles ( Tzika et al. 2011 ) and the tuatara as sister groups of Archosauria and Squamata, respectively ( supplementary results, supplementary methods, table S1, and Supplementary Data and Supplementary Data , Supplementary Material online).


Vital Capacity Formula

There are two formulae for vital capacity, based on the sex of the subject. In both of the following formula, H represents height in centimeters, while UNE represents the age of a person in years.

Vital Capacity = (21.78 – 0.101a) x h

Vital Capacity = (27.63 – 0.112a) x h

Vital capacity is typically measured in cubic centimeters, a measure of volume. These formulas simply show the average vital capacity for a man or woman of a specific age and sex.

For instance, a 35-year-old woman who is 160 cm should have the following vital capacity:

Vital Capacity = (21.78 – 0.101(35)) x 160

  • Volume courant – The volume of air breathed in an out during normal breaths.
  • Expiratory Reserve Volume – The extra volume of air that can be pushed out of the lungs when forced.
  • Inspiratory Reserve Volume – An extra amount of air that can be inhaled, increasing the lung capacity.
  • Residual Volume – An amount of air that cannot be expelled from the lungs, which keeps them from collapsing.

1. What is the target vital capacity of a 42-year-old male who is 190 cm tall?
UNE. 3290
B. 4000
C. 4356

2. What happens to the vital capacity of a 4-year-old with a hotdog stuck in his throat?
UNE. It decreases
B. It increases
C. It stays the same


Voir la vidéo: Biologie moléculaire S5. Introduction (Mai 2022).